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（以下 国立感染症研究所のＨＰから抜粋）
百日咳は、特有のひどいの咳発作（痙咳発作）を特徴とする喉から気管、気管支にかけての百日咳菌(一部はパラ百日咳菌）よる感染症である。
病気の経過は3つの時期に分けられる。
1）鼻水から始まり咳に至る時期 （約2週間持続）：通常7～10日間程度の潜伏期を経て、普通のかぜ症状で始まり、次第に咳の回数が増えて程度も激しくなる。
2）咳のひどい時期 （約2～3週間持続）：次第に特徴ある発作性けいれん性の咳（痙咳）となる。これは短い咳が連続的に起こり、続いて、息を吸う時に笛の音のようなヒューという音が出る。しばしば嘔吐を伴う。
発熱はないか、あっても微熱程度である。息を詰めて咳をするため、顔面の静脈圧が上昇し、顔面浮腫、点状出血、眼球結膜出血、鼻出血などが見られることもある。非発作時は無症状であるが、何らかの刺激が加わると咳発作がでてくる。また、夜間の発作が多い。年齢が小さいほど症状は非定型的であり、乳児期早期では特徴的な咳がなく、単に息を止めているような無呼吸発作からチアノーゼ（皮膚の色が酸素不足で青黒くなる）、けいれん、呼吸停止と進展することがある。合併症としては肺炎の他、発症機序は不明であるが脳症も重要な問題となり、特に乳児で注意が必要である。1992～1994年の米国での調査によると、致命率は全年齢児で0.2%、6カ月未満児で0.6%とされている。
3）回復期（2, 3週～）：激しい発作は次第に減衰し、2～3週間で認められなくなるが、その後も時折忘れた頃に発作性の咳が出る。全経過約2～3カ月で回復する。
成人の百日咳では咳が長期にわたって持続するが、典型的な発作性の咳嗽を示すことはなく、やがて回復に向かう。軽症で診断が見のがされやすいが、菌の排出があるため、ワクチン未接種の新生児・乳児に対する感染源として注意が必要である。これらの点から、成人における百日咳の流行に今後注意していく必要がある。
また、アデノウイルス、マイコプラズマ、クラミジアなどの呼吸器感染症でも同様の発作性の咳を示すことがあり、注意が必要である。
臨床検査では、小児の場合には白血球数が数万/mm3に増加することもある。ただしCRPという炎症タンパクは軽度上昇にとどまる。
治療は、マクロライド系という抗生剤（エリスロマイシン、クラリスロマイシン、アジスロマイシン）の内服治療である。初期の鼻水から咳の出始める時期では特に抗生剤は有効である。内服開始後約5日後には菌の排出はなくなる。
